| 1638年（寛永15年） |
徳川幕府は、江戸の南（現在の南麻布）と北（現在の護国寺付近）に薬園を開設するが、護国寺の設立に伴い、麻布南植物園に移設 |
| 1684年（貞享 元年） |
麻布南薬園を白山御殿内の北側に移す |
| 1722年（享保 7年） |
小石川薬園内に養生所を開設 |
| 1735年（享保20年） |
青木昆陽が小石川薬園内で甘藷を試作 |
| 1868年（明治 元年） |
明治維新により東京府管轄、大病院附属御薬園と改称 |
| 1869年（明治 2年） |
大学東校管轄、医学校薬園と改称 |
| 1875年（明治 8年） |
文部省所轄教育博物館附属・小石川植物園と改称 |
| 1877年（明治10年） |
東京大学設立に伴い、法理文三学部附属植物園と改称 |
| 1877年（明治10年） |
東京大学附属小石川植物園と改称 |
| 1884年（明治17年） |
東京大学植物園と改称 |
| 1886年（明治19年） |
帝国大学令の発令により、理科大学に管理替え、帝国大学理科大学植物園と改称 |
| 1888年（明治21年） |
植物園規則を改め、入園料を徴収 |
| 1896年（明治29年） |
平瀬作五郎によるイチョウの精子発見 池野成一郎によるソテツの精子発見 |
| 1897年（明治30年） |
東京帝国大学理科大学附属植物園と改称 植物学教室が植物園内に移転 |
| 1902年（明治35年） |
日光に分園を開設、当初仏岩にあったが、明治44年に現在地へ移設 |
| 1919年（大正 8年） |
東京帝国大学理学部附属植物園と改称 |
| 1923年（大正12年） |
関東大震災被災者の一部を植物園内に収容 |
| 1935年（昭和10年） |
植物学教室が本郷に移転完了 |
| 1939年（昭和14年） |
植物園本館完成 |
| 1945年（昭和20年） |
戦災で温室、黒門、集会所、教室跡建物を完全焼失 |
| 1947年（昭和22年） |
東京大学理学部附属植物園と改称 |
| 1950年（昭和25年） |
旧田母沢御用邸敷地の一部が、日光植物園に移管 |
| 1952年（昭和27年） |
温室を木造で復旧 |
| 1964年（昭和39年） |
温室を鉄骨に改修 |
| 1969年（昭和44年） |
本郷地区の旧東京医学校本館(明治9年建造)を園内に移築(重要文化財) |
| 1977年（昭和52年） |
東京大学理学部附属植物園運営委員会発足 |
| 1984年（昭和59年） |
植物園本館改修 |
| 1993年（平成5年） |
研究温室竣工 |
| 1998年（平成10年） |
東京大学大学院理学系研究科附属植物園と改称 |
| 2012年（平成24年） |
文化財保護法の規定により名勝及び史跡に指定される 名称は小石川植物園（御薬園跡及び養生所跡） |
| 2019年（令和元年） |
公開温室・冷温室竣工 |
