生きた植物をみて、植物の分類体系を学べるように、東アジアに分布する種を中心に、約500種の代表的な植物（科の中で代表的な属、もしくはこの園内で栽培できる種を選んで）が、ほぼエングラー（1844～1930; ドイツの植物分類者）の分類体系に従って植えられています。東側（売店側）からシダ植物・双子葉植物・単子葉植物となっています。現在最新の分類体系に従うように植え替えを行っています。