小石川植物園の敷地は承応元（1652）年に館林藩下屋敷が設けられたところで、白山御殿と呼ばれ、幼い藩主松平徳松の居邸でした。

徳松が５代将軍綱吉となった後、貞享元（1684）年に、現在の南麻布にあった幕府の南薬園が廃止され、白山御殿の敷地の一部が新たに薬園とされて「小石川御薬園」と呼ばれるようになりました。８代将軍吉宗の享保６（1721）年に御薬園が御殿地全体に拡張され、面積約４万５千坪のほぼ現在の植物園の形となりました（地図参照）。

御薬園は御番医師の木下道円が管理していましたが、芥川小野寺元風と交代しました。さらに享保の拡張にともない、精子発見のイチョウのすぐ西側あたりを境として、西北側半分を芥川小野寺、東南側半分を岡田利左衛門が管理することとなりました。

それぞれの屋敷には御薬種干場（乾薬場）があり、園内で生産された薬草を干して調整するために用いられていました。 岡田利左衛門の管理地内には享保７年12月（新暦1723年１月）に施薬院（養生所）が設けられ、享保20（1735）年には青木昆陽によるサツマイモ（甘藷）の試作が行われました。 御薬園は時代とともに衰退し、幕末の頃には５千百坪にまで縮小しました。 しかし、明治維新により「大学病院附属御薬園」として東京府の所轄となるにあたり、ほぼ享保時代の敷地に復活されました。